Лицей создан 1 сентября 1991 года.
Муниципальное общеобразовательное учреждение «Лицей №124» учрежден совместным решением комитета по управлению имуществом г. Барнаула, комитета по образованию администрации г. Барнаула, администрации Ленинского района г. Барнаула от 26.06.1996 года № 154 и зарегистрирован Постановлением администрации Ленинского района 31.07.1996 года №239/25.
Лицей является учебным заведением особого типа для учащихся 7-11 классов, имеющих наклонности к физико-математическим дисциплинам, инженерно-технической и социально-экономической деятельности.
Для учащихся 7-9 классов лицея ведется предпрофильная подготовка. С 10 класса вводятся специализации по профилям. Это способствует более осознанному выбору специальности при поступлении в вузы. На сегодняшний день в лицее 20 классов-комплектов, 518 учащихся 7-11 классов.